Genomsnittligt släktskap – beräkningsmetod

För att följa den långsiktiga genetiska utvecklingen av den skandinaviska vargstammen är den genomsnittliga släktskapen ett bättre mått än inavel. Jag har inte sett genomsnittligt släktskap tillämpat på varg förrän i en bilaga till regeringens svar till EU augusti 2011!. (kommentar att dokumentet inte finns kvar nedan) Mycket bra att detta begrepp nu börjat tillämpas i svensk vargförvaltning!!!!

Liberg, Sand och Åkesson (2011) visar i sitt diagram något som de i axeln kallar släktskap och i tabelltexten ”mean kinship coefficient”. Värdena i figur och tabell är dubbelt så stora som jag tycker de borde vara för mean kinship coefficient. Värdena i tabellen och värdena för ”coefficient of relatedness” är dubbelt så stora som jag tyckte genomsnittligt släktskap skall vara. Att använda det ”föråldrade” begreppet coefficient of relatedness (som ju också översätts med släktskap) är fel och därför trodde jag att vargförädlingen hade kommit in på fel spår. Nu kanske varggenetiken är på rätt spår och bara uttryckt sig klumpigt men det vet jag faktiskt inte. I fortsättningen borde varggenetiken uttrycka sig på ett entydigare sätt! ”Coefficient of kinship” och ”coancestry” är samma sak och det olyckliga kan vara bara att värdena i figuren är dubbelt så höga som de borde vara för att vara analogt med inavelskoefficient. Men när det gäller ”Mean kinship” är det tveksamt vad som egentligen menas och man måste precisera vad som menas på ett sätt som varggenetikerna (inklusive ”Stockholmgenetikerna”) inte lever upp till i de dokument jag hittills sett. Frågan är hur man behandlar indivens släktskap med sig själv (dvs inaveln). Man kan beräkna ”mean kinship” för individer och definiera det som genomsnittet av en individs släktskap med alla andra individer, det kan kanske användas som ett urvalsinstrument och är förståeligt. Men om man beräknar medelvärdet av ”Mean kinship” för individernas ”mean kinship” och kallar det också för ”mean kinship” är det förvirrande och man ger sig ut på semantiskt hal is och använder ”mean kinship” i en betydelse som inte alla som använder uttrycket gör. En del gör det i samma betydelse som group coancestry (se nedan), men djurgenetiker har ofta lite svårt att svälja självsläktskap.

Coancestry = coefficient of kinship för ett par av individer är sannolikheten att en allell från den ena individen härrör från samma gemensamma anfader som en allell från den andra individen. Coancestry för ett par individer blir inavelskoefficienten för deras gemensamma avkomma. Coancestryn för ett syskonpar är 0.25 och inaveln för deras avkomma blir 0.25. Coancestry kopplar elegant ihop inavel och släktskap. Coancestry är en sannolikhet och kan inte bli större än 1. För coancestry behöver man inte sätta coefficient of framför, men det behöver man för kinship. Dessutom kanske kinship är lite otydligt på om faktorn två skall vara med, den otydligheten finns inte för coancestry. Group coancestry är en motsvarighet till inavel på populationsnivå.

Group coancestry =  = gruppsläktskap = genomsnittligt släktskap är genomsnittet av alla individers släkskap med varandra inklusive med sig själva. Man kan ställa upp en coancestrymatris med individerna i rader och kolumner och deras coancestry i matriselementen. Group coancestry blir genomsnittet av värdena i matrisen. Group coancestry har en elegant och förmodligen entydig svensk översättning ”gruppsläktskap”. Group coancestry övergår i inavel vid slumpmässig parning inom populationen (inklusive självbefruktning).

Gendiversitet är det mest basala måttet på genetisk diversitet. Det är sannolikheten att olika gener i en population inte är kopior av samma gen, dvs olika, ”diversa”. Denna sannolikhet är (1 – group coancestry =1-Θ).  Group coancestry är ett mått på genetisk diversitet, jag brukar beteckna det med Θ. Group coancestry säger hur mycket diversitet som förlorats jämfört med ursprungspopulationen. Värdet på group coancestry säger hur stor del av den nordeuropeiska vargpopulationens gen-diversitet som gått förlorat sedan medlemmar från den vilda populationen invandrade till Skandinavien! Detta mått beaktar bl a: (1) det låga antalet invandrare till den skandinaviska vargpopulationen sedan den bildades; (2) deras varierande fertilitet; (3) deras olika bidrag till vargstammens genetiska uppsättning; och (4) den genetiska driften som orsakas av vargstammens låga numerär.

Kommentar oktober 2012. Regeringen tycks ha tagit bort detta dokument och alla andra dokument rörande EU korrespondensen utom ganska intetsägande missivbreven från vad allmänheten kommer åt från dess hemsida. Det är beklagligt, men vanligt och enklare att sopa undan spåren och försvaga sambandet med det förflutna i dataåldern. Man undrar vad ändamålet är? Datanördar som inte bryr sig om konsekvenserna av vad de gör? Eller en motvilja mot grävare? EU-ärendet är inte utagerat, det är aktuell information som undanhålls.

,

  1. Lämna en kommentar

Kommentera

Fyll i dina uppgifter nedan eller klicka på en ikon för att logga in:

WordPress.com Logo

Du kommenterar med ditt WordPress.com-konto. Logga ut / Ändra )

Twitter-bild

Du kommenterar med ditt Twitter-konto. Logga ut / Ändra )

Facebook-foto

Du kommenterar med ditt Facebook-konto. Logga ut / Ändra )

Google+ photo

Du kommenterar med ditt Google+-konto. Logga ut / Ändra )

Ansluter till %s